生命情報科学研究室

2021

11月　第49回構造活性相関シンポジウム　SAR Poster Award　佐藤朋広
発表演題:「転移学習を用いた活性予測モデルの新規化合物シリーズに対するモデル適用性の改善」
著者：佐藤朋広、寺山慧、本間光貴
受賞コメント(リンク)

11月　第49回構造活性相関シンポジウム　SAR Poster Award　武富啓
発表演題:「硬質コルチコイド受容体の活性型変異S810Lに対する水分子の効果」
著者：武富啓、大田雅照、浴本亨、池口満徳
受賞コメント(リンク)

11月　第49回構造活性相関シンポジウム　SAR Poster Award　柴橋佑希
発表演題:「維持メチル化因子UHRF1の阻害剤探索：MDを組み合わせたインシリコスクリーニング」
著者：柴橋佑希、浴本亨、郡聡実、山根努、有田恭平、池口満徳
受賞コメント(リンク)

11月　第49回構造活性相関シンポジウム　SAR Poster Award　伊藤朱里
発表演題:「中分子シクロスポリンAとシクロスポリンEの分子ダイナミクスの比較」
著者：伊藤朱里、浴本亨、山根努、池口満徳
受賞コメント(リンク)

10月　情報計算科学生物（CBI）学会　ベストポスター賞　伊藤朱里
発表演題:「Comparison of molecular dynamics of cyclosporin A and cycrosporin E」
著者：伊藤朱里、浴本亨、山根努、池口満徳
受賞コメント(リンク)

10月　情報計算科学生物（CBI）学会　ポスター賞　柴橋佑希
発表演題:「Inhibitor discovery targeting UHRF1 by MD simulations and biochemical analyses」
著者：柴橋佑希、浴本亨、郡聡実、山根努、有田恭平、池口満徳
受賞コメント(リンク)

10月　情報計算科学生物（CBI）学会　ポスター賞　中居雪菜
発表演題:「Activation Pathway of IL-2-inducible T-cell kinase Explored by Tree-Search Molecular Dynamics」
著者：中居雪菜、浴本亨、山根努、小川直樹、寺山慧、池口満徳
受賞コメント(リンク)

2020

12月　第48回構造活性相関シンポジウム　SAR Poster Award 伊藤朱里
発表演題:「中分子シクロスポリンAとシクロスポリンEの分子ダイナミクスの比較」
著者：伊藤朱里、浴本亨、山根努、池口満徳
受賞コメント(リンク)

12月　第48回構造活性相関シンポジウム　SAR Poster Award ��橋真帆
発表演題:「ニューロトロフィン受容体TrkAd5と結合ペプチド間の相互作用様式の解明」
著者：��橋真帆、浴本亨、山根努、鈴木里佳、高橋栄夫、池口満徳
受賞コメント(リンク)

2019

9月　第57回日本生物物理学会年会　学生発表賞　工藤崇文　（M2）
発表演題：「拡張アンサンブル法によるビタミンD受容体のアゴニスト/アンタゴニスト
　　　　　　活性調節機構の研究」
著者：工藤崇文、浴本亨、山根努、池口満徳
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10月　情報計算科学生物（CBI）学会　ベストポスター賞　大崎和　（M1）
発表演題：「3D-RISM-AI: A machine learning approach to predict protein-ligand
　　　　　　binding affinity using 3D-RISM」
著者：大崎和、山根努、浴本亨、池口満徳
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12月　第47回構造活性相関シンポジウム　SAR presentation award （ポスター）　工藤崇文　（M2）
発表演題：「Regulation mechanism of agonistic/antagonistic activities of vitamin D
　　　　　　receptor using generalized ensemble method」
著者：工藤崇文、浴本亨、山根努、池口満徳
受賞コメント(リンク)

2021

Transport mechanism of human LAT1-CD98hc complex studied by all-atom MD
〇吉田夏海、浴本亨、山根努、池口満徳
第59回日本生物物理学会年会、オンライン、2021年11月25-27日

転移学習を用いた活性予測モデルの新規化合物シリーズに対するモデル適用性の改善
〇佐藤朋広、寺山慧、本間光貴
第49回構造活性相関シンポジウム、オンライン、2021年11月18日-19日

硬質コルチコイド受容体の活性型変異S810Lに対する水分子の効果
〇武富啓、大田雅照、浴本亨、池口満徳
第49回構造活性相関シンポジウム、オンライン、2021年11月18日-19日

維持メチル化因子UHRF1の阻害剤探索:MDを組み合わせたインシリコスクリーニング
〇柴橋佑希、浴本亨、郡聡実、山根努、有田恭平、池口満徳
第49回構造活性相関シンポジウム、オンライン、2021年11月18日-19日

中分子シクロスポリンAとシクロスポリンEの分子ダイナミクスの比較
〇伊藤朱里、浴本亨、山根努、池口満徳
第49回構造活性相関シンポジウム、オンライン、2021年11月18日-19日

ニューロトロフィン受容体TrkAd5結合ペプチドのデザイン
〇高橋真帆、浴本亨、山根努、鈴木里佳、高橋栄夫、池口満徳
第49回構造活性相関シンポジウム、オンライン、2021年11月18日-19日

環状人工イオンチャネルの相互作用解析
〇中川真由子・山根努・浴本亨・佐藤浩平(東京工業大)、金原数(東京工業大)・池口満徳
第49回構造活性相関シンポジウム、オンライン、2021年11月18日-19日

全原子分子動力学シミュレーションを使ったヒトL型アミノ酸トランスポーター LAT1のコンフォメーション変化の解析
〇吉田夏海、浴本亨、山根努、池口満徳
第49回構造活性相関シンポジウム、オンライン、2021年11月18-19日

TS-MDによるInterleukin-2-inducible T-cell kinase活性化機構の解明
〇中居雪菜、浴本亨、山根努、小川直樹、寺山慧、池口満徳
第49回構造活性相関シンポジウム、オンライン、2021年11月18-19日

Dscoreに基づく多目的最適化によるChemTSを用いた選択性阻害剤の設計
〇吉澤竜哉、石田祥一、佐藤朋広、寺山慧
第49回構造活性相関シンポジウム、オンライン、2021年11月18-19日

Interaction analysis of cyclic artificial ion channel AmFF
〇中川真由子・山根努・浴本亨・佐藤浩平(東京工業大)、金原数(東京工業大)・池口満徳
新学術領域　発動分子科学　領域会議、オンライン、2021年10月28日-29日

Inhibitor discovery targeting UHRF1 by MD simulations and biochemical analyses
〇柴橋佑希、浴本亨、郡聡実、山根努、有田恭平、池口満徳
情報計算科学生物学会2021年大会、オンライン、2021年10月26-28日

Comparison of molecular dynamics of cyclosporin A and cycrosporin E
〇伊藤朱里、山根努、浴本亨、池口満徳
情報計算科学生物学会2021年大会、オンライン、2021年10月26-28日

Elucidation of interaction between neurotrophin receptor TrkAd5 and its binding peptide
〇高橋真帆、浴本亨、鈴木里香、山根努、高橋栄夫、池口満徳
情報計算科学生物学会2021年大会、オンライン、2021年10月26-28日

Interaction analysis of cyclic artificial ion channel AmFF
〇中川真由子、山根努、浴本亨、佐藤浩平(東京工業大)、金原数(東京工業大)、池口満徳
情報計算科学生物学会2021年大会、オンライン、2021年10月26-28日

Transport simulation of human LAT1-CD98hc complex
〇吉田夏海、浴本亨、山根努、池口満徳
情報計算科学生物学会2021年大会、オンライン、2021年10月26-28日

Activation Pathway of IL-2-inducible T-cell kinase Explored by Tree-Search Molecular Dynamics
〇中居雪菜、浴本亨、山根努、小川直樹、寺山慧、池口満徳
情報計算科学生物学会2021年大会、オンライン、2021年10月26-28日

Predicting phase separation protein and its experimental condition using machine learning
〇陳佳盈、石田祥一、佐藤朋広、寺山慧
情報計算科学生物学会2021年大会、オンライン、2021年10月26-28日

人工イオンチャネル分子の相互作用解析
〇中川真由子、山根努、浴本亨、佐藤浩平(東京工業大)、金原数(東京工業大)、池口満徳
新学術領域　発動分子科学　領域会議、オンライン、2021年5月13日-14日, 6月10日

人工イオンチャネル2merの分子動力学シミュレーション
〇中川真由子、長村隆大、浴本亨、山根努、村岡貴博、佐藤浩平(東京工業大)、金原数(東京工業大)、池口満徳
新学術領域　発動分子科学　発動分子科学研究会（公開シンポジウム）、オンライン、2021年6月11日

人工イオンチャネルの全原子分子動力学シミュレーション
〇中川真由子、浴本亨、山根努、村岡貴博(東京農工大)、佐藤浩平(東京工業大)、金原数(東京工業大)、池口満徳
第21回日本蛋白質科学会年会、オンライン、2021年6月16-18日

ヒト L型アミノ酸トランスポーター1と阻害剤JPH203の結合構造予測
〇吉田夏海、浴本亨、山根努、鈴木登紀子(ジェイファーマ)、遠藤仁(ジェイファーマ)、池口満徳
第21回日本蛋白質科学会年会、オンライン、2021年6月16-18日

人工イオンチャネルの全原子分子動力学シミュレーション
〇中川真由子、浴本亨、山根努、村岡貴博(東京農工大)、佐藤浩平(東京工業大)、金原数(東京工業大)、池口満徳
第 10 回日本生物物理学会関東支部会、オンライン、2021年3月2日-3日

ヒト L型アミノ酸トランスポーター1と阻害剤JPH203の結合構造予測
〇吉田夏海、浴本亨、山根努、鈴木登紀子(ジェイファーマ)、遠藤仁(ジェイファーマ)、池口満徳
第 10 回日本生物物理学会関東支部会、オンライン、2021年3月2日-3日

2020

In-silico analysis of artificial ion channels
〇長村隆大、浴本亨、山根努、村岡高宏（東京農工大）、金原数（東京工業大学）、池口満徳
The 1st International Symposium on Molecular Engine、千葉大学、2020年1月8日
　

Regulation mechanism of agonist/antagonist activities of vitamin D receptor elucidated by generalized ensemble method
〇浴本亨、工藤崇文、山根努、池口満徳
第20回日本蛋白質科学会年会、新型コロナウィルスのため要旨のみ、2020年6月

Comparison of molecular dynamics of cyclosporin A and cycrosporin E
〇伊藤朱里、山根努、浴本亨、池口満徳
第20回日本蛋白質科学会年会、新型コロナウィルスのため要旨のみ、2020年6月

Elucidation of interaction between neurotrophin receptor TrkAd5 and its binding peptide
〇高橋真帆、浴本亨、鈴木里香、山根努、高橋栄夫、池口満徳
第20回日本蛋白質科学会年会、新型コロナウィルスのため要旨のみ、2020年6月

3D-RISM-AI: Prediction of protein-ligand binding free energy based on machine learning using 3D-RISM
〇大崎和、山根努、浴本亨、池口満徳
第20回日本蛋白質科学会年会、新型コロナウィルスのため要旨のみ、2020年6月

人工アニオントランスポーターの分子動力学シミュレーション
〇奥村真一、浴本亨、森未妃（東京工業大）、佐藤浩平（東京工業大）、山根努、金原数（東京工業大）、池口満徳
新学術領域　発動分子科学　領域会議、オンライン、2020年11月27日-28日, 2021年1月7日-8日

人工イオンチャネル2merの分子動力学シミュレーション
〇中川真由子、長村隆大、浴本亨、山根努、村岡貴博（東京農工大）、佐藤浩平（東京工業大）、金原数（東京工業大）、池口満徳
新学術領域　発動分子科学　領域会議、オンライン、2020年11月27日-28日, 2021年1月7日-8日

ニューロトロフィン受容体TrkAd5と機能阻害ペプチドの相互作用解析
〇高橋真帆、浴本亨、鈴木里佳、山根努、高橋栄夫、池口満徳
新学術領域　発動分子科学　領域会議、オンライン、2020年11月27日-28日, 2021年1月7日-8日

中分子シクロスポリンAとシクロスポリンEの分子ダイナミクスの比較
〇伊藤朱里、浴本亨、山根努、池口満徳
第48回構造活性相関シンポジウム、オンライン、 2020年12月10日-11日
伊藤朱里さん、SAR presentation award (Poster)受賞

ニューロトロフィン受容体TrkAd5と結合ペプチド間の相互作用様式の解明
〇高橋真帆、浴本亨、山根努、鈴木里佳、高橋栄夫、池口満徳
第48回構造活性相関シンポジウム、オンライン、 2020年12月10日-11日
高橋真帆さん、SAR presentation award (Poster)受賞

機械学習を用いた3D-RISMベースの結合自由エネルギー予測
〇大崎和、浴本亨、山根努、池口満徳
第48回構造活性相関シンポジウム、オンライン、 2020年12月10日-11日

シクロスポリンAのCHARMM力場の開発
〇山根努、浴本亨、池口満徳
第48回構造活性相関シンポジウム、オンライン、 2020年12月10日-11日



＜海外発表＞

Combination method of coarse-grained molecular dynamics simulations and small-angle x-ray scattering data
〇浴本亨、小甲裕一（三井情報）、苙口友隆（慶応大）、池口満徳
Biophysical society 64th Annual Meeting, サンディエゴ、2020年2月15日-19日

Development of the CHARMM force field for cyclosporine A and application to molecular dynamics simulations using a membrane-water system
〇山根努、高橋遼、伊藤朱里、浴本亨、池口満徳
Biophysical society 64th Annual Meeting, サンディエゴ、2020年2月15日-19日

2019

人工イオンチャネルの分子動力学シミュレーション
○長村隆大、浴本亨、山根努、金原数（東京工業大）、池口満徳
新学術領域　発動分子科学　領域会議、九州大学、2019年5月24日-25日

Phosphodiesterase阻害薬のファミリー蛋白質選択性に関するin silico解析
湯浅千紗、〇浴本亨、山根努、池口満徳
第18回日本蛋白質科学会年会、神戸国際会議場、2019年6月24日-26日

シクロスポリンAのCHARMM力場開発と膜-水系の分子シミュレーションへの応用
〇山根努、高橋遼、浴本亨、池口満徳
第18回日本蛋白質科学会年会、神戸国際会議場、2019年6月24日-26日

Ligand-bound forms of drug discovery target protein in solution studied by molecular dynamics simulations
〇浴本亨、工藤崇文、山根努、池口満徳
第57回日本生物物理学会年会、宮崎、 2019年9月24日-26日

Regulation mechanism of agonistic/antagonistic activities of vitamin D receptor studied by generalized ensemble method
〇工藤崇文、浴本亨、山根努、池口満徳
第57回日本生物物理学会年会、宮崎、 2019年9月24日-26日
工藤崇文さん、学生ポスター賞受賞

All-atom molecular dynamics simulations of artificial ion channels
〇長村隆大、浴本亨、山根努、村岡高宏（東京農工大）、金原数（東京工業大）、池口満徳
第57回日本生物物理学会年会、宮崎、 2019年9月24日-26日

Development of the CHARMM force field for Cyclosporine A and application to molecular dynamics simulations using a membrane-water system
〇山根努、浴本亨、池口満徳
第57回日本生物物理学会年会、宮崎、 2019年9月24日-26日

Selectivity of phosphodiesterase-10A inhibitor for phosphodiesterase family elucidated by free energy perturbation approach (ポスター＋口頭)
〇浴本亨、湯浅千紗、山根努、池口満徳
情報計算科学生物学会2019年大会、タワーホール船堀、 2019年10月22日-24日

Development of the CHARMM force field for Cyclosporine A and application to molecular dynamics simulations using a membrane-water system (ポスター＋口頭)
〇山根努、高橋遼、伊藤朱里、浴本亨、池口満徳
情報計算科学生物学会2019年大会、タワーホール船堀、 2019年10月22日-24日

Regulation mechanism of agonistic/antagonistic activities of vitamin D receptor analyzed by generalized ensemble method (ポスター＋口頭)
〇工藤崇文、浴本亨、山根努、池口満徳
情報計算科学生物学会2019年大会、タワーホール船堀、 2019年10月22日-24日

Artificial ion channels studied by All-atom molecular dynamics simulations (ポスター)
〇長村隆大、浴本亨、山根努、村岡高宏（東京農工大）、金原数（東京工業大）、池口満徳
情報計算科学生物学会2019年大会、タワーホール船堀、 2019年10月22日-24日

3D-RISM-AI: A machine learning approach to predict protein-ligand binding affinity using 3D-RISM (ポスター)
〇大崎和、山根努、浴本亨、池口満徳
　情報計算科学生物学会2019年大会、タワーホール船堀、 2019年10月22日-24日
大崎和さん、Bestポスター賞受賞

異なる分子パラメータを持つ複数分子系のシミュレーションプロトコルの構築 (ポスター)
佐藤美和(三井情報)、〇佐藤昂人(三井情報)、鈴木南美、浴本亨、山根努、池口満徳
第33会分子シミュレーション討論会、名古屋市公会堂、 2019年12月9日-11日

Dynamic structural biology of vitamin D receptor elucidated by MD simulations and experimental data (口頭)
〇浴本亨、池口満徳
第３回DSB研究成果報告会、横浜理研、 2019年11月13日-14日

ホスホジエステラーゼファミリータンパク質における選択性のインシリコ研究
〇浴本亨、湯浅千紗、山根努、池口満徳
第47回構造活性相関シンポジウム、熊本、 2019年12月12日-13日

拡張アンサンブル法を用いたビタミンD受容体のアゴニスト/アンタゴニスト活性調節機構の研究
〇工藤崇文、浴本亨、山根努、池口満徳
第47回構造活性相関シンポジウム、熊本、 2019年12月12日-13日
工藤崇文さん、SAR presentation award (Poster)受賞

2018

新規アルケミカル結合自由エネルギー計算手法ワープドライブ法の開発と有限サイズ効果
〇浴本亨、山根努、池口満徳
第18回日本蛋白質科学会年会、朱鷺メッセ、 2018年6月26日-28日

シクロスポリンAのCHARMM力場の開発
〇山根努、渡邊裕太、浴本亨、池口満徳
第18回日本蛋白質科学会年会、朱鷺メッセ、 2018年6月26日-28日

ファーマコフォア解析によるビタミンD受容体アゴニスト/アンタゴニスト活性調節機構の研究
〇工藤崇文、浴本亨、山根努、池口満徳
第18回日本蛋白質科学会年会、朱鷺メッセ、 2018年6月26日-28日

An effective alchemical perturbation method eliminating finite-size effect on binding free energies
〇浴本亨、山根努、池口満徳
第56回日本生物物理学会年会、岡山大学、 2018年9月15日-17日

Regulation mechanism of agonistic/antagonistic activities of vitamin D receptor studied by pharmacophore analysis
〇工藤崇文、浴本亨、池口満徳
第56回日本生物物理学会年会、岡山大学、 2018年9月15日-17日

Development of the CHARMM force field for Cyclosporine A
〇山根努、渡邊裕太、浴本亨、池口満徳
第56回日本生物物理学会年会、岡山大学、 2018年9月15日-17日

Protein-ligand binding process studied by Markov state model (ポスター＋口頭)
〇浴本亨、荒木望嗣、井阪悠太、山根努、奥野恭史、池口満徳
情報計算科学生物学会2018年大会、タワーホール船堀、 2018年10月9日-11日

Development of the CHARMM force field for Cyclosporine A
〇山根努、高橋遼、浴本亨、池口満徳
情報計算科学生物学会2018年大会、タワーホール船堀、 2018年10月9日-11日

Study of regulation mechanism of agonistic/antagonistic activities of viramin D receptor ligand-binding domain
〇工藤崇文、浴本亨、山根努、池口満徳
情報計算科学生物学会2018年大会、タワーホール船堀、 2018年10月9日-11日

In silico binding affinity analysis for phosphodiesterase-10A inhibitors
In silico binding affinity analysis for phosphodiesterase-10A inhibitors
情報計算科学生物学会2018年大会、タワーホール船堀、 2018年10月9日-11日

In silico protein-protein interaction analysis of axon guidance molecule semaphorin and receptor plexin
〇下地恵令奈、山根努、浴本亨、永友芽里、禾晃和、池口満徳
情報計算科学生物学会2018年大会、タワーホール船堀、 2018年10月9日-11日

ヒト疾患モデルと分子動力学によるGPCRのリガンド結合ーシグナル活性化の新たな連関機構の解明
〇栗原由紀子（東大・院医・代謝生理科学）、浴本亨、北沢太郎、杉山諒、小谷理沙、内島恭信、池口満徳、栗原裕基
第41回日本分子生物学会年会、パシフィコ横浜、 2018年11月28日-30日

シグナル分子セマフォリンと受容体プレキシンの結合特異性に関する構造生物学的解析
〇田中翼、永友芽里、根谷崎牧子、大井里香、下地恵令奈、山根努、浴本亨、池口満徳、禾晃和
第41回日本分子生物学会年会、パシフィコ横浜、 2018年11月28日-30日

分子動力学シミュレーションを用いたビタミンD受容体リガンド結合ドメインの溶液構造解析
〇浴本亨、工藤崇文、山根努、池口満徳
第46回構造活性相関シンポジウム、大阪大学、 2018年12月5日-6日
浴本亨、第46回構造活性相関シンポジウム SAR Presentation Award (Poster Presentation)受賞

＜海外発表＞

FINITE-SIZE EFFECT ON THE CHARGING FREE ENERGY IN THE ALCHEMICAL PERTURBATION AND ``WARP DRIVE" METHOD.
〇浴本亨、山根努、池口満徳
Biophysical society 62th Annual Meeting, サンフランシスコ、2018年2月17日-21日

他大学のセミナーでの発表

2018

創薬標的蛋白質の分子動力学シミュレーション
〇浴本亨
新潟大学物性理論研究室セミナー、新潟大学、 2018年6月25日