Projects | Functional Genomics

ノンコーディング RNA とクロマチンの相互作用を網羅的に検出する系の開発

Sat, 04 Jul 2020 00:00:00 +0000

タンパクに翻訳されないRNAをnon-coding RNA（ノンコーディング/非コードRNA）と呼びます。現在、哺乳類ではクロマチンの約７０％が何らかのRNAに転写され、その内の半数以上がncRNAであると言われています。 ncRNAの多くは機能がわかっていません。機能が明らかなncRNAのうちクロマチンと相互作用し機能するものが報告されています。

クロマチンと相互作用するncRNAの機能を解析するために、私たちは最近RADICL-seq法と名付けた新しい方法を開発しました。RADICL-seq法はncRNAのみならず核内すべてのRNAとクロマチンの相互作用を網羅的に検出し、次世代シーケンサーを用いて解析できる画期的な方法です。私たちはRADICL-seq法を用いてこれまで明らかでなかったncRNAとクロマチンの相互作用やその機能の解析、およびさらにRADICL-seqをよくするための改良に取り組んでいます。

家族性血小板異常症（FPD)のエピゲノム解析

Sat, 04 Jul 2020 00:00:00 +0000

家族性血小板異常症（familial platelet disorder：FPD）は、生殖細胞系列におけるRUNX1のヘテロ接合体変異により発症する常染色体優性遺伝病である。FPD患者全体の約35%が骨髄異形成症候群（myelodysplastic syndrome : MDS）や急性骨髄性白血病（acute myeloid leukemia：AML）といった難治性造血器腫瘍に進展することからFPDは前MDSや前AML状態として認識されており、しばしばFPD/AMLと表現される。MDS/AMLではDNAメチル化異常が生じていることが明らかとなっているが、前MDS/AML状態のFPDにおけるDNAメチル化異常については報告がなくよくわかっていない。そこで本研究では、患者数が少なく入手困難なFPDモデル細胞をiPS細胞にゲノム編集技術を用いることで複数樹立し、野生型とFPDモデル間でのDNAメチル化状態を比較することでFPDにおけるDNAメチル化異常の解明を目指す。

翻訳を促進するアンチセンスRNA"SINEUPs"の作用機序の解明から生体内応用へ

Sat, 04 Jul 2020 00:00:00 +0000

パーキンソン病に関与しているタンパク質としてUCHL1が知られている。このUCHL1をコードするUchl1-mRNAのアンチセンスRNA(AS-Uchl1)にmRNAの増加を伴わずにタンパク質発現量を促進する機能があることが発見された。このAS-Uchl1の構造を元に、目的遺伝子に対する人工的に合成したアンチセンスを導入することにより、mRNAの発現レベルに大きな変化なく、タンパク質発現が促進されることを確認し、SINEUPと名付けた。

このSINEUPによるタンパク質発現量増加の機構を解明するとともに、これを用いた新しいタンパク質合成促進ツールを開発することを目指し研究を進めている。

DNAメチル化制御転写因子の解析

Mon, 01 Jan 2018 00:00:00 +0000

DNAメチル化は遺伝子のオン/オフを制御するエピジェネティックな因子であり、発生や細胞分化で遺伝子発現を正確に制御している。しかし、DNAメチル化自身がどのように時空間的に制御されているかは未だ不明な点が多く残されている。我々のグループでは、転写因子がその結合部位特異的にDNAメチル化を制御することを明らかとしてきた(blood advances 1, 20 (2017) PMID: 29296817, Epigenetics Chromatin 10, 60 (2017) PMID: 29221486)。我々はさらに様々な細胞分化における転写因子によるDNAメチル化制御の全体像、制御機構、疾患との関連の解明を目指す。